Ramai orang Cina Malaysia mengamalkan pelbagai kepercayaan, termasuk Mahayana dan mazhab agama Buddha lain, agama kaum Cina, Konfusianisme dan Daoisme. Walaupun Buddhisme berpengaruh sebelum kedatangan Islam, majoriti penduduk China semasa datang semasa pemerintahan Tanah Melayu British. Tahun Baru Cina disambut sebagai cuti kebangsaan.[12] Bagi kebanyakan orang Cina, agama adalah bahagian penting dalam kehidupan budaya mereka.[47]

Sangat jarang bagi mana-mana orang Cina Malaysia menjadi pengikut mutlak kepercayaan tertentu. Ramai menuntut keanggotaan dalam kepercayaan tertentu, namun menghormati kepercayaan dari pelbagai agama ke dalam kehidupan mereka. Agama rakyat Cina telah menjadi pengaruh yang kuat dalam kehidupan, dan mazhab-mazhab baru telah muncul untuk mengintegrasikan ajaran agama yang berbeza. Kepercayaan di Malaysia juga sering menerima pengaruh dari animisme tempatan.[48]

Sekitar 19% daripada populasi semasa mengklasifikasikan diri mereka sebagai Buddha. Setiap bangunan keagamaan adalah autonomi, dan kebanyakan orang Cina mengikuti cawangan Mahayana, manakala minoriti Thai dan Sinhal di Malaysia mengikut cawangan Therevada. Majlis Buddha Malaysia telah diwujudkan untuk mempromosikan kajian dan amalan Buddhisme dan menggalakkan perpaduan di kalangan umat Buddha Malaysia. Hari Wesak adalah cuti kebangsaan, dan perayaan bersama diadakan di Kuala Lumpur dan Selangor oleh kedua cabang agama Buddha.[12]

Kuil-kuil Cina kebanyakannya merupakan kuil dari wilayah-wilayah Cina di Guangdong dan Fujian. Malaysia mempunyai lebih daripada 150 kuil Daois yang dihidangkan oleh 12000 imam, dengan masyarakat Daoist berkongsi hubungan dengan mereka di Taiwan dan Tanah Besar China. Walaupun agama itu tidak diorganisir seperti yang lain, Persatuan Tao Malaysia telah dibentuk pada 1995 dan Liga Organisasi Daoist dibentuk pada tahun 1997.

Penduduk Cina yang dikenali sebagai orang Hui yang diamalkan Islam tetapi mengekalkan budaya Cina dan mempunyai tradisi yang unik. Komuniti wujud di Singapura, Pulau Pangkor, dan Sitiawan sebelum Perang Dunia Kedua. Masyarakat yang terakhir yang ditubuhkan di Pulau Pinang telah tersebar ketika mereka diusir dari rumah mereka akibat projek pembangunan.[49]

Pada tahun 2013, sebuah video sekumpulan pengamal Buddhisme dari Singapura mengadakan upacara keagamaan di sebuah surau telah menjadi tular di Facebook. Polis Malaysia telah menangkap pemilik resort selepas dia membenarkan 13 Buddha untuk menggunakan surau untuk meditasi mereka di Kota Tinggi, Johor.[50] Insiden tersebut telah menjadi kejutan kepada umat Islam di Malaysia. Ia juga menjadi topik hangat dalam media sosial. Berikutan pada 28 Ogos 2013, bilik sembahyang kontroversi itu dirobohkan oleh pengurusan penginapan dalam masa 21 hari dari tarikh penerimaan notis selepas protes banyak oleh penduduk Kota Tinggi.[51][52] Pada masa itu, Syed Ahmad Salim, pemilik penginapan tersebut menjelaskan bahawa dia telah membenarkan kumpulan Buddha untuk menggunakan surau untuk sesi meditasi kerana dia tidak menyedari bahawa ia adalah satu kesalahan.[53]